Caracterização evolutiva do rotavírus do grupo a

Caracterização evolutiva do rotavírus do grupo a

Author Lima, Jackson Cordeiro Autor UNIFESP Google Scholar
Advisor Paiva, Paulo Bandiera Paiva Autor UNIFESP Google Scholar
Institution Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)
Graduate program Gestão e Informática em Saúde
Abstract Objective: Characterize phylogenetically the Rotavirus genes Methods: The sequences of rotavirus genes were obtained in the search performed in the NCBI, wherein one of the inclusion criteria would be the presence of the sample collection year. For each gene was constructed a dataset that has been subjected to alignment in MAFFT program with L-INS-i algorithm. After it was determined the best nucleotide substitution model for each dataset by jModelTest2 program. With the results of the previous stage held by maximum likelihood phylogenetic inference with PhyML software and Bayesian analysis using Mr. Bayes. For the inference of evolutionary rates of the segments and calculating the molecular clock used the BEAST. The process of getting the screening test to which they are subjected codons was with HYPHY with SLAC and FEL methodologies. Results: The rotavirus segments are under negative selection, except for NSP1 and nsP5 segments that are under neutral selection. The gene evolution rates vary 3,59x10-3 to 1,7x10-2 replacements / nucleotide / year.The time to the most recent common ancestor ranged from 62 to 126 years. The current classification system Rotavirus has some inconsistencies that could be remedied by adopting more criteria for classification construction. Conclusions: The calculations of rates of mutations and the molecular clock can help you better understand the process of evolution of rotavirus, as well as improve understanding of how the segments evolve.

Objetivo: Caracterizar filogeneticamente os genes do Rotavírus Métodos: As sequências dos genes do Rotavírus foram obtidas em busca realizada no NCBI, em que um dos critérios de inclusão seria a presença do ano de coleta da amostra. Para cada gene foi construído um dataset que foi submetido a alinhamento no programa MAFFT, com o algoritmo G-INS-i. Após, foi determinado o melhor modelo de substituição de nucleotídeos para cada dataset através do programa jModelTest2. Com os resultados da etapa anterior procedeu a inferência filogenética por máxima verossimilhança com software PhyML e análise bayesiana por meio do Mr. Bayes. Para a inferência das taxas evolutivas dos segmentos e cálculo do relógio molecular usou o BEAST. O processo de obtenção do teste de seleção aos quais estão submetidos os códons foi com HYPHY com as metodologias SLAC e FEL. Resultados: Os segmentos de rotavírus estão sob seleção negativa, com exceção dos segmentos NSP1 e NSP5 que estão sob seleção neutra. As taxas de evolução dos genes variam de 3,59x10-3 a 1,7x10-2 substituições/nucleotídeo/ano.O tempo até o ancestral comum mais recente variou de 62 até 126 anos. O atual sistema de classificação do Rotavírus apresenta algumas inconsistências que poderiam ser sanadas com a adoção de mais critérios para construção da classificação. Conclusões: Os cálculos das taxas de mutações e do relógio molecular podem ajudar a entender melhor o processo de evolução do rotavírus, bem como melhorar a compreensão de como os segmentos evoluem.
Keywords rotavírus
caracterização evolutiva
recombinação
seleção positiva/negativa
relógio molecular
Language Portuguese
Date 2015-01-07
Published in LIMA, Jackson Cordeiro. Caracterização evolutiva do rotavírus do grupo a. 2015. 119 f. Tese (Doutorado) - Escola Paulista de Medicina, Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP), São Paulo, 2015.
Research area Interdisciplinar
Knowledge area Multidisciplinar
Publisher Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)
Extent 119 p.
Origin https://sucupira.capes.gov.br/sucupira/public/consultas/coleta/trabalhoConclusao/viewTrabalhoConclusao.jsf?popup=true&id_trabalho=3327748
Access rights Closed access
Type Thesis
URI http://repositorio.unifesp.br/handle/11600/48894

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